압력
유기용매와 물과의 혼합비율에 따른 압력의 차이 용매의 점도 때문에 같은 농도의 유기용매 비율이라도 메탄올 보다 아세토나이트릴이 압력이 낮다

이동상의 극성의 세기
같은 농도의 메탄올/물 때 보다 아세토나이트릴/물 일 때 시료 용출의 세기가 크다. 30%-80%내의 유기용매 농도범위 안에서 아세토나이트리/물의 시료의 용출강도는 메탄올/물의 농도를 10%증가 시킨 것하고 비숫하다(예: 아세토나이트릴/물=60/40 →메탄올/물=70/30)

A solvent of 40% acetonitrile (MeCN) can be replaced with 50% methanol (MeOH) or 30% tetrahydrofuran(THF) to yield the same purification.

흡광도 cutoff
메탄올은 높은 UV흡광치를 갖는다
아세토나이트릴은 낮은 UV흡광치를 갖는다

이동상의 탈기
아세토나이트릴과 물을 혼합 시는 흡열반응(endothermic)이 일어나서 탈기가 어렵다.
메탄올과 물을 혼합 시는 발열반응(exothermic)이 일어나서 탈기가 쉽다.