이매스교육 및 공지사항
이전까지 N말단 서열 분석(edman
sequencing 분석법) 시 이용한 protein
sequencer 장비가 기존 API492 procise (appliedbiosystems,
USA)모델에서 PPSQ-53A (Shimadzu, JAPAN)으로 변경 대체됨에 따라
관련 변경 사항을 미리 정리하여 N말단 서열 분석 의뢰자 분들에게 이해를 돕고자 합니다.
항목 |
API492 procise |
PPSQ-53A |
분석
조건 |
∙ 유도체 반응 : edman degradation (PITC / N-methylpiperidine) ∙ Gradient : linear gradient elution ∙
Detection : UVD 269nm |
∙ 유도체 반응 : edman degradation (PITC / Trimethylamine) ∙ Gradient : isocratic elution ∙
Detection : PDA 265-273nm |
분석
순서 |
∙
Initial STEP -> Blank -> PTH_STD -> Sample |
∙
별도 PTH_STD ∙
Initial STEP -> 별도 Sample |
데이터
분석 |
∙
Dptu (reference) peak 기준 상대적인 용출 시간 (relative
retention time)값 기분으로 peak assign |
∙
PTH-STD 의 개별 amino acid 의 elution time (RT) 기준 calibration 후 peak assign |
분석법
특성 |
∙
Cysteine 제외한 19개 아미노산 assign 가능 |
∙
Cysteine 제외한 19개 아미노산 assign 가능 |
아미노산
검출
순서 |
D/N/S/Q/T/G/E/dmptu/A/H/Y/R/P/M/V/dptu
/pmtc/W/dpu/F/I/K/L |
D/E/dtt//N/Q/S/T/H/G/dmptu/A/Y/R/dth/ M/V/P/dptu
/W/dpu/F/K/I/L |
검출
감도 EPO (40ug) |
∙
initial peak intensity : 0~120mV ∙
Collected sequence(15a.a) : APPRLIXDSRVLERY |
∙
initial peak intensity : 0~320mAU ∙
Collected sequence(15a.a) : APPRLIXDSRVLERY |